Objetivos da Unidade Curricular

O objectivo desta disciplina é dar uma visão panorâmica dos aspectos mais importantes da bioinformática, incidindo nos aspectos computacionais e algoritmicos da área. Os alunos ficarão com capacidade para compreender os problemas fundamentais da área e saber que ferramentas têm à sua disposição para os resolver, bem como as suas limitações

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Pré-requisitos

Sem pré-requisitos

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Conteúdos

Métodos de comparação de sequência. Análise de seqüências de proteínas e matrizes de substituição. Previsão função de p sequencias proteicas. Estrutura da proteína métodos de comparação. A classificação das estruturas. Modelagem comparativa e métodos de previsão da estrutura de proteínas. Mineração de Dados de Expressão Gênica. Prospecção de textos na literatura científica. Ontologias e anotações de genes, seqüências e os dados clínicos e biológicos.

 

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Descrição detalhada dos conteúdos programáticos

Componente Teórica

- Introdução à Bioinformática
- Introdução aos Sistemas de Informação
- Fontes de Informação Biomédica - UniProt, GenBank, Interpro, Prosite
- Sequência métodos de comparação. BLAST e outros algoritmos
- Análise de seqüências de proteínas
- PAM e matrizes de substituição BLOSUM.
- Função previsão de seqüências de proteínas: PSI-BLAST, métodos de alinhamento multitle, os modelos ocultos de Markov
- Estrutura da proteína métodos de comparação.
- Abordagens para a classificação estrutura (CATH e bancos de dados SCOP).
- Modelagem comparativa e métodos de previsão da estrutura de proteínas (ab initiio, perfil e segmentação)
- Prospecção de Dados de Expressão Gênica - statitistical e gene enriquecimento métodos de visualização e análise de dados de microarrays.
- Ontologias e anotações de genes, seqüências e os dados clínicos e biológicos.

 

Componente Teórica-Prática

Exercícios sobre as matérias dadas na componente teórica.Uso de serviços web e ferramentas de linha de comando para interface e análise de dados de bioinformática. Introdução à Linguagem R e Bioconductor  para resolução de problemas concretos e interacão com recursos computacionais na web

 

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Bibliografia

Recomendada

Orengo CA, Jones DT, Thornton JM. 2003. Bioinformatics - Genes Proteins and Computers. BIOS. ISBN:1-85996-054-5

Introduction to Bioinformatics, Arthur Lesk, Second Edition, Oxford, 2005, ISBN-13 978-0199208043

 

Outros elementos de estudo

 

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Métodos de Ensino

 Métodos expositivo, demonstrativo e activo-participativo

 

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Métodos de Avaliação

Exame +  Projecto

 

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Língua de ensino

Português ou Inglês