O Doutoramento em História e Filosofia das Ciências confere continuidade ao Mestrado de História e Filosofia das Ciências, ou a outro considerado equivalente oferecido em Portugal ou no estrangeiro. O objetivo é oferecer uma formação avançada em História das Ciências e/ou Filosofia das Ciências que confira um elevado nível de especialização num domínio da História e/ou Filosofia das Ciências.

Espera-se que o resultado final revele a autonomia científica do estudante e a sua capacidade de produção de trabalho de investigação original reconhecido pela comunidade internacional, que contribua para o alargamento das fronteiras do conhecimento e que seja divulgado em publicações com reconhecimento nacional ou internacional.