BioISI Research Seminar

In silico methods to capture the pH effects in drug binding to proteins and membranes

Auditório da FCiências.ID, Lisboa

Por Miguel Machuqueiro (BioISI - Ciências ULisboa).

Many biomolecules have their structure, stability, and reactivity properties significantly modulated by pH. The pKa values of common titratable sites in proteins, peptides, lipids, or other simple organic molecules are usually coupled with their conformation and the observed electrostatic environment. In inhomogeneous media, this coupling becomes harder to capture and sample correctly using our state-of-the-art computational methodologies, like constant-pH MD (CpHMD) [1]. This is particularly important to study protein-protein and protein-drug binding or membrane permeability values. I will show our most recent methodological developments where CpHMD, often coupled to an Umbrella Sampling scheme [2], was used to calculate the donepezil binding affinity to acetylcholinesterase and the membrane permeability coefficients of several chemotherapeutic drugs (tyrosine kinase inhibitors), including sunitinib and nintedanib. The results will showcase the effectiveness of our methodologies in predicting key attributes related to drug design, trafficking, and affinity toward the target.

We acknowledge financial support from FCT through grant CEECIND/02300/2017 and projects UIDB/04046/2020 and UIDP/04046/2020. We also acknowledge the funding by the European Union (TWIN2PIPSA, GA 101079147). Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union or the European Research Executive Agency (REA). Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.

[1] Gomes, A. M. M., Costa, P. J., Machuqueiro, M. (2023) "Recent Advances on Molecular Dynamics-Based Techniques to Address Drug Membrane Permeability with Atomistic Detail", BBA Advances, 4, 100099.
[2] Oliveira, N. F. B., Machuqueiro, M. (2022) "A novel US-CpHMD protocol to study the protonation-dependent mechanism of the ATP/ADP carrier", J. Chem. Inf. Model., 62, 2550.

11h30
BioISI - Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas
Astronauta, banhado pela luz solar, no meio de uma floresta

Candidaturas até 30 de julho - um evento único, que reunirá estudantes de mestrado e doutoramento com investigadores e líderes da indústria de toda a Europa para uma experiência inesquecível.

Lupa e caneta sobre página com texto e gráfico

O curso visa dar formação inicial a estudantes de pós-graduação sobre o processo de escrita, submissão e publicação de trabalhos científicos, focando principalmente a publicação de artigos científicos em revistas internacionais com revisão por pares.

Iconografia relacionada com a temática do curso

O curso fornece uma exploração aprofundada de isótopos estáveis como uma ferramenta valiosa em Ecologia, usando assinaturas isotópicas para rastrear processos ecológicos e revelando insights sobre o ciclo de nutrientes e água, interações de espécies e condições ambientais em diversos ecossistemas e comunidades.

Composição de três imagens relativas à área da deteção remota

2.ª edição do curso, com candidaturas até 18 de outubro.

O evento pretende reunir investigadores que trabalhem sobre temas ligados à indústria e sobre património técnico e industrial, para uma reflexão prospetiva sobre o património industrial e atuais vias de colaboração no seu estudo, salvaguarda e preservação.

Computador portátil a projetar imagem de sequência biológica

O curso visa a aquisição de conhecimentos sobre as ferramentas bioinformáticas disponíveis para efetuar análises de sequências de DNA e proteínas, bem como a autonomia e espírito crítico na utilização dessas ferramentas. Procura igualmente desenvolver competências na utilização de software de bioinformática disponível gratuitamente na Internet e na interpretação do significado biológico dos resultados.

Bola de cristal colocada no solo

O curso tem como objetivo apresentar aos participantes um estado da arte atualizado sobre a diversidade da biota do solo e os papéis funcionais desempenhados pelos organismos do solo nos principais processos ecológicos.

A conferência visa reunir os principais especialistas no domínio da Imagiologia Médica por Micro-ondas (MMWI) e incluirá palestras, apresentações e pósteres de resumos revistos por pares e artigos de conferências, bem como workshops em áreas satélite de investigação com interesse para a investigação em MMWI.

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